Mỗi hiệp định thương mại tự do (FTA) đều có quy tắc xuất xứ riêng. Khi hàng hóa đáp ứng các quy tắc xuất xứ sẽ được hưởng các ưu đãi thuế quan của các nước thành viên.

Tính đến năm 2010, Việt Nam đã ký kết và thực hiện 7 Hiệp định khu vực thương mại tự do (FTA). Trong đó, 6 FTA  với các nước ASEAN và một FTA giữa Việt Nam và Nhật Bản.

Trong các FTA của  ASEAN, về cơ bản, các quy tắc xuất xứ đều có cấu trúc tương đối giống nhau. Tuy nhiên, do đặc thù của từng đối tác, quy tắc xuất xứ trong mỗi FTA của ASEAN cũng có những khác biệt nhất định.

Khác biệt trong quy tắc xuất xứ

• Tiêu chí xuất xứ chung. Trong hầu hết các hiệp định hiện nay, tiêu chí xuất xứ chung là chuyển đổi mã số hàng hóa ở cấp 4 số (CTH) hoặc hàm lượng giá trị khu vực 40% (RVC (40)). Trong khi đó,ACFTA áp dụng tiêu chí chung là RVC(40).  AIFTA áp dụng tiêu chí chung là RVC(35) kết hợp với Chuyển đổi mã số hàng hóa cấp 6 số. Có thể nói, việc áp dụng tiêu chí CTH hoặc RVC(40) tương đối phù hợp và tạo thuận lợi cho hoạt động xuất khẩu của Việt Nam.
• Tiêu chí cộng gộp. Hầu hết các hiệp định đều áp dụng quy định cộng gộp làm tròn khi hàm lượng giá trị gia tăng của nguyên liệu có xuất xứ đạt 40% trở lên. Hiện chỉ có ATIGA có quy định cộng gộp từng phần với ngưỡng giá trị 20%. Quy định này trước đây được đưa ra nhằm tạo thuận lợi cho việc tận dụng tối đa các phần nguyên liệu có xuất xứ được sử dụng. Hiện nay, một số nước đối tác của ASEAN đang đề nghị áp dụng việc cộng gộp đầy đủ từ bất kỳ tỉ lệ giá trị gia tăng nào. Tỉ lệ giá trị này sẽ được cộng gộp đúng vào trị giá nguyên liệu có xuất xứ trong công đoạn sản xuất tiếp theo.
• Quy định về những công đoạn gia công đơn giản. AANZFTA, AKFTA, AJCEP quy định cụ thể từng hành vi được coi là gia công đơn giản.Trong khi đó, các Hiệp định còn lại như ATIGA, và ACFTA quy định các công đoạn gia công đơn giản theo hướng quy định các nguyên tắc. Chẳng hạn như những công đoạn thuộc diện bảo quản hàng hóa trong quá trình vận chuyển, bốc dỡ hàng, xếp hàng, đóng gói hàng hóa. Việc quy định mang tính chung nhất này có thể đảm bảo mọi hành vi liên quan nếu có những đặc điểm chung như quy định sẽ được loại trừ. Trong khi đó, việc quy định cụ thể như trong ba hiệp định ban đầu có thể dẫn tới việc bỏ sót những hành vi sẽ phát sinh trên thực tế sau này.
• Việc áp dụng. Trong một số trường hợp, công đoạn gia công đơn giản không áp dụng đối với tiêu chí xuất xứ RVC (40) nhưng áp dụng đối với tiêu chí CTC. Nhưng một số trường hợp khác, công đoạn gia công đơn giản lại áp dụng cả hai tiêu chí RVC và CTC. Việc có sự khác biệt này dẫn tới việc khác biệt về tiêu chí xuất xứ trong Quy tắc cụ thể mặt hàng.
• Quy định về ngưỡng de minimis. Trong ACFTA và AIFTA, ngưỡng de minimis chưa được áp dụng. Tại hiệp định còn lại, ngưỡng de minimis được áp dụng trên cơ sở một số khác biệt. Về cơ bản, các hiệp định đều có những áp dụng riêng về cách thức tính de minimis cho các sản phẩm dệt may hoặc sản phẩm không phải là dệt may với tỉ lệ là 10%. Riêng trong AJCEP, một số mặt hàng nhạy cảm đối với Nhật Bản được áp dụng ngưỡng trị giá thấp hơn (7%). Cũng trong hiệp định này, một số sản phẩm không được áp dụng de minimis.

Khác biệt về thủ tục cấp và kiểm tra chứng nhận xuất xứ

Những khác biệt cơ bản về quy tắc thủ tục cấp và kiểm tra chứng nhận xuất xứ (OCP) tập trung chủ yếu ở một số quy định liên quan đến Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) giáp lưng, quy định kiểm tra tại nước xuất khẩu, quy định về hàng triển lãm và hóa đơn do nước thứ ba phát hành.

•  C/O giáp lưng. Đây là quy định nhằm tạo thuận lợi cho hoạt động thương mại. Đặc biệt trong các trường hợp chia tách , bán một phần lô hàng vào nước nhập khẩu trung gian…. Bằng quy định này, hàng hóa có xuất xứ trong khu vực duy trì được tình trạng xuất xứ của nước xuất khẩu ban đầuNhờ đó, tránh được tình trạng mất xuất xứ tại nước thành viên trung gian. Một trong những điều kiện quan trọng để được cấp C/O giáp lưng là hàng hóa vẫn nằm trong kiểm soát của cơ quan Hải quan nước nhập khẩu trung gian và C/O gốc ban đầu vẫn còn hiệu lực. Các Hiệp định AANZFTA, AKFTA, AJCEP, ATIGA, AIFTA đều có quy định về C/O giáp lưng với các điều kiện về cơ bản giống như nêu ở trên. Hiện nay, C/O giáp lưng chỉ được cấp một lần trên cơ sở C/O gốc. Trường hợp nước nhập khẩu cuối cùng có nghi vấn về C/O giáp lưng, nước này có thể tiến hành kiểm tra đối với nước xuất khẩu trung gian đã cấp C/O giáp lưng, thậm chí kiểm tra đối với nước xuất khẩu ban đầu để đảm bảo tính xác thực về xuất xứ của lô hàng. Riêng Hiệp định ACFTA, khái niệm C/O giáp lưng chưa được hình thành. Trong những phiên đàm phán gần đây giữa ASEAN và Trung Quốc về việc sửa đổi OCP trong khuôn khổ hiệp định ACFTA, quy định về C/O giáp lưng đã được đưa vào phần sửa đổi.
• Trường hợp có nghi ngờ về xuất xứ của lô hàng nhập khẩu. nước thành viên nhập khẩu có quyền yêu cầu nước thành viên xuất khẩu kiểm tra tính xác thực của lô hàng. Trường hợp không thỏa mãn với kết quả kiểm tra, nước nhập khẩu có quyền yêu cầu được kiểm tra tại nước xuất khẩu. Quy định này nhằm đảm bảo thỏa mãn tối đa quyền kiểm tra xuất xứ của nước nhập khẩu trước khi khẳng định lô hàng nghi vấn có xuất xứ hay không. Hiện nay, trong hầu hết các FTA của ASEAN với các đối tác đều có quy định này. Tuy nhiên, riêng Hiệp định ACFTA không có quy định này. Do vậy, trong những phiên họp sửa đổi OCP trong khuôn khổ Hiệp định ACFTA gần đây, vấn đề này đã được xem xét thảo luận.
• Trong trường hợp, hàng hóa được sử dụng để triển lãm nhưng sau đó được bán trong quá trình triển lãm. Quy định về hàng hóa được sử dụng triển làm là cần thiết để đảm bảo có thể được hưởng ưu đãi thuế quan. Hiện nay, hầu hết các quy tắc xuất xứ đều có quy định này, ngoại trừ quy tắc xuất xứ trong hiệp định AANZFTA.
• Hóa đơn do bên thứ ba phát hành. Để đảm bảo khi có sự tham gia của bên thứ ba trong quan hệ thương mại, hầu hết các hiệp định đều quy định bên thứ ba có thể được phép phát hành hóa đơn. Trong trường hợp này nhà nhập khẩu vẫn được hưởng ưu đãi thuế quan. Tuy nhiên, Hiệp định ACFTA không có quy định này.

Ngoài những quy định khác biệt giữa các hiệp định nêu trên, một số các hiệp định có những quy định mà các hiệp định khác không có, như quy định về hàng dệt may, quy định về các sản phẩm công nghệ thông tin.

Đối với quy tắc cụ thể mặt hàng, về cơ bản, các tiêu chí xuất xứ giữa các hiệp định là khác nhau do ASEAN phải đàm phán với các đối tác khác nhau. Sự khác biệt của các tiêu chí xuất xứ cũng phụ thuộc một phần vào cam kết cắt giảm thuế quan của các mặt hàng này.